En la época inicial de la conquista, pocos fueron los impuestos que se cobraron, debido a que se perseguía fomentar el poblamiento de los territorios que se incorporaban al dominio de la corona española, así los reyes optaron por establecer una serie de exenciones tributarias. Por lo general se cobraba el "diezmo", impuesto eclesiástico que se destinaba a la mantención del culto y que correspondía a la décima parte de la producción agropecuaria, y el "Quinto Real", que ascendía al 20% de la producción aurífera. En los primeros años de la colonización, el quinto real no se pagaba completo, sino que una fracción menor, que con el correr de los años iba aumentando.Paulatinamente se fueron estableciendo otros, tales como la “alcabala”, un impuesto a las transacciones y transferencia de propiedades (esclavos, tierras, etc.), el “almojarifazgo”, el cual era un derecho de aduana, pagaban impuestos las mercaderías que entraban y salían de los puertos, el “annata”, el cual era un impuesto aplicado a las rentas generadas por ocupar cargos de diversa índole, se calculaba en función de las ganancias obtenidas en un año, la “Gabela”, era un impuesto municipal, las “primicias” el cual era el impuesto a las ganancias, la “averia”, era un impuesto que se cobraba a las mercaderías del Atlántico en galeones y el “tributo”, el cual consistía en un impuesto que debían pagar los indios de manera comunal ya que los nativos tenían esa obligación en su condición de vasallos.
Otros tributos interesantes eran el papel sellado, que consistía en la obligatoriedad de utilizar para trámites oficiales hojas de papel que contaban con un sello estampado y que tenía un valor determinado, y la denominada composición de extranjeros, que correspondían a una cantidad que los extranjeros residentes ilegalmente debían cancelar para regularizar su permanencia.
Existían varios otros rubros de ingresos a las arcas fiscales, tales como la bula de cruzada y la que autorizaba a comer carne los días viernes, pero estrictamente esto no corresponde a impuestos, puesto que no eran obligatorios.
En esa época ya existían conductas de evasión tributaria. En el caso chilenos, en 1543 los oficiales reales de Santiago reclamaron ante el cabildo por los ardiles que empleaban algunos propietarios para no pagar el Diezmo, colocando algunos animales a nombre de sus hijos. Así, nunca alcanzaban a poseer, por ejemplo, diez cabezas de ganado, por lo cual no pagaban el impuesto. Otro tanto ocurría con el Quinto Real. Si bien las fundiciones eran de propiedad del rey, y estaba prohibida la existencia de otras de carácter privado, el oro en polvo circulaba como moneda de cambio sin cancelar el tributo.
Quienes se encargaban de la recaudación de impuestos y de la administración de los fondos fiscales eran los tres oficiales reales: un tesorero, un contador y un factor. El primero de ellos tenía a su cargo la custodia del dinero; el segundo llevaba las cuentas, mientras que el tercero realizaba con el dinero las operaciones que se debían hacer, tales como los pagos a los funcionarios.
Los tres eran escrupulosamente elegidos, y antes de asumir sus funciones debían pagar una fianza, realizar una declaración de sus propiedades y nombrar un fiador. Por otra parte, debían actuar siempre en conjunto, tanto así como que los cofres donde se guardaba el dinero tenía tres llaves, una por cada uno de ellos, y cada cierto tiempo estaban sujeto a vistas inspectivas, en las que se revisaban las cuentas de los tres libros de contabilidad y se tomaba razón del circulante que se hallaba en la caja.
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